A diferencia de las ediciones Oro y Plata, en las ediciones HeartGold y SoulSilver el legendario Suicune tendrá su propia trama en el juego, igual que en la edición Cristal. Para llegar hasta él, tendrás que pasar por diferentes zonas de las regiones de Kanto y de Johto:

1. Torre Quemada, Ciudad Iris

La primera vez que nos encontraremos con Suicune en el juego será en la Torre Quemada, al noroeste de Ciudad Iris, donde estarán los tres perros legendarios en su piso inferior. Una vez que nos acerquemos a ellos, los tres huirán de la torre, aunque Suicune se acercará primero a ti un momento.

2. Ciudad Orquídea

Después de verlo en Ciudad Iris, Suicune huirá al norte de Ciudad Orquídea, donde nos podremos encontrar una vez más con él. El encuentro será corto, pero esta vez Eusine se enfrentará a ti en un combate para ver quién merece más encontrarse con Suicune.

3. Ruta 42

En la Ruta 42, entre Ciudad Iris y Pueblo Caoba, veremos por última vez a Suicune en la región de Johto. Haz Surf desde el oeste de Ciudad Iris y realiza el movimiento Corte entre los árboles que te encontrarás. Allí estará escondido Suicune, que tras este encuentro huirá a la región de Kanto.

4. Puerto Carmín

Cuando llegues a Kanto y salgas del S.S Aqua en Ciudad Carmín, verás en el puente a Suicune en el agua. Eusine también vendrá, y se sorprenderá de que Suicune siga sin huir. Tras observarte un momento, se marchará.

5. Ruta 14

Ya casi hemos llegado al final de nuestros intentos por luchar contra Suicune. La última vez que lo veas salir huyendo será al este de la Ruta 15, en medio del camino, y de nuevo sobre el agua. Ahora que ya casi hemos terminado de perseguir a este Pokémon legendario, ve hacia la Casa de Bill, al final de la Ruta 25.

6. Casa de Bill

Cerca de la Casa de Bill podrás ahora observar a este Pokémon justo delante de ti. Eusine también vendrá, y dirá que Suicune te quiere poner a prueba. Prepárate para enfrentarte al perro legendario, que se encontrará al Nivel 40. Cuando estés preparado, acércate a él y captúralo. Esto será el fin de esta larga búsqueda.