También la web nos explica los que son las Esferas Conexión, un nuevo sistema de misiones que sustituye al antiguo Tablón de Anuncios. Es algo que ya habíamos visto antes en vídeos del juego, pero ahora sabemos que aquí veremos a los Pokémon que necesiten ayuda y que después de ayudarles pasarán a ser nuestros compañeros desbloqueando además las esferas conectadas a él. Aquí será también donde nos encontremos las misiones de los Pokémon legendarios como Suicune o Darkrai.
Estos Pokémon legendarios en muchos casos tendrán una gran importancia en la trama del juego, como es el caso de Mega-Rayquaza, Deoxys, Groudon Primigenio o Ho-oh. Sin embargo, la web todavía no da mucha información acerca de esto más allá de dejarnos ver lo bien que lucen estos Pokémon en el juego.
Algunos Pokémon legendarios como Hoopa podrán ser llamados como ayudantes dentro de una mazmorra. En el caso de Hoopa lo haremos gracias al objeto Lámpara Mágica y podremos invocar tanto a su forma Contenida como a la nueva forma Desatada, aunque todavía desconocemos cómo se conseguirá este objeto.