Además del notable cambio de interfaz, lo más destacable son las nuevas funciones de Maratón Pokémon y Fichas, siendo el primero un modo de juego en el que tras pagar 3 vidas nos enfrentaremos de forma consecutiva a 50 Pokémon de las 150 primeras fases del juego sumando en cada fase únicamente 5 turnos al número de turnos con los que terminásemos la anterior y sin poder cambiar de Pokémon entre fases. Las Fichas de misiones por otro lado son una serie de objetivos a cumplir que nos permitirá ir consiguiendo unas recompensas determinadas. Entre las recompensas que recibiremos tanto en la Maratón como en las Fichas se encuentran nuevos objetos como el Nivel Max ↑ que permite incrementar el nivel máximo de ciertos Pokémon más débiles para que así puedan aumentar su Ataque y utilizarse en las fases más duras. Para estrenar esta nueva actualización han decidido entregarnos uno de regalo, así como 3000 monedas, aunque también descubriremos otros nuevos objetos que permiten a nuestros Pokémon recibir experiencia e incluso subir directamente niveles.
También se ha añadido un nuevo sistema de amigos que permite agregarse mutuamente mediante una clave y así prescindir de Facebook y mejoras en el Safari y en las Fases Graduales, donde ahora veremos qué Pokémon del Safari tenemos y cuáles nos faltan, mientras que en las Fases Graduales sabremos cuál será la siguiente recompensa que nos espera y podemos saltar varios grados de dificultad si conseguimos que el Pokémon se enfade. También se ha añadido un nuevo mapa que permite saltar rápidamente entre zonas y ver qué te falta por completar de cada una y el poder ver cuál va a ser la siguiente fase extra en desbloquearse y con cuántos Niveles S se desbloqueará.